Pomnik Trzech Janów ufundowany przez Jana Hetmana Tarnowskiego około 1536 r., wykonany został w wawelskiej pracowni Bartłomieja Berecciego. Przedstawia Ojca Hetmana Tarnowskiego - Jana Amora, brata Hetmana - Jana oraz zmarłego w niemowlęctwie synka Jana - Aleksandra. Pierwotnie pomnik ten znajdował się w prezbiterium i był nagrobkiem piętrowym. W 1561 r., gdy po śmierci Jana Hetmana Tarnowskiego przystąpiono do budowy pomnika ku jego pamięci, przeniesiono pomnik ojca i brata i w zmienionej kompozycji, zaproponowanej przez Jana Marię Padovano umieszczono w kaplicy św. Anny. Pod chórem mieszczą się dawne późnogotyckie stalle, z końca wieku XV, przeniesione tu z prezbiterium w wieku XVI by zrobić miejsce pomnikom nagrobnym. Wśród dziesięciu zachowanych na terenie Małopolski tego rodzaju zabytków gotyckiej snycerki, stalle tarnowskie wyróżniają się oryginalną dekoracją i dużymi rozmiarami. Pod posadzką Bazyliki znajdują się krypty grobowe. Jest ich siedem: dwie w prezbiterium, pod pomnikami hrabiów Tarnowskich i książąt Ostrogskich, trzecia mieści się pod nawą główną. Kolejne dwie, również Tarnowskich, pod dawną kaplicą Rozesłania Apostołów oraz po jednej w dawnych kaplicach Świętego Krzyża i św. Anny. Wszystkie są murowane z cegły i sklepione kolebkowo. Do zwiedzania udostępniona jest tylko jedna krypta, która mieści się w nawie północnej, pod dawną kaplicą św. Anny. Znajdują się w niej dwa duże kamienne sarkofagi. W jednym spoczywa ks. Andrzej Tarło (1642), prepozyt tutejszej Kolegiaty, w drugiej biskup Józef Grzegorz Wojtarowicz, ordynariusz tarnowski w latach 1840-1850, bp Franciszek Lisowski (1939), bp Jan Stepa (1959) i abp Jerzy Ablewicz (1990). Sgraffitowa dekoracja, która zdobi sklepienie tej krypty nawiązuje do eschatologii chrześcijańskiej i beatyfikacji Karoliny Kózkówny w roku 1987. W krypcie Tarnowskich pod prezbiterium zachowała się prawdopodobnie trumna hetmana Jana Tarnowskiego, obita czerwoną skórą z metalowymi cekinami. W krypcie Ostrogskich, z dojściem od nawy południowej, zachowały się dwie cynowe trumny, jedna księcia Janusza (1620), druga jego żony Zuzanny (1596).