Sala zwana skarbcem Kopernika to ekspozycja dedykowana jednemu z najsłynniejszych studentów Uniwersytetu. Znajduje się tu jeden z najcenniejszych w zbiorach światowych, unikatowy zespół trzech średniowiecznych instrumentów astronomicznych, w 1493 r. zapisany testamentem rodzimej uczelni przez profesora Marcina Bylicę z Olkusza, wówczas nadwornego astrologa króla węgierskiego Macieja Korwina w Budzie. Cenny dla Uniwersytetu dar oglądał zapewne młody Mikołaj Kopernik w trakcie swoich studiów, być może nawet używał tych instrumentów. Tenże zespół: astrolabium, torquetum i globus nieba z astrolabium, uzupełniony jest na ekspozycji innymi, równie kosztownymi instrumentami astronomicznymi, w tym kilkoma astrolabiami (jednym szczególnie cennym astrolabium arabskim z XI wieku, widocznym w gablocie), zegarami słonecznymi oraz kopiami dokumentów i faksymile rękopisu słynnego dzieła „De revolutionibus orbium coelestium”.