Od początku XVI w. główny budynek Uniwersytetu był stałym miejscem przechowywania pamiątek, a już w XVIII w. Collegium Maius zwykło się nazywać muzeum. Po II Wojnie Światowej decyzją Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego powołano Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego z siedzibą w Collegium Maius. Zdarzenie to oficjalnie usankcjonowało kilkusetletnią tradycję gromadzenia uniwersyteckich pamiątek, sięgającą pierwszych lat działalności uczelni. W latach 60. XX wieku – po trwającym 15 lat remoncie – sale nowo powstałego Muzeum UJ w Collegium Maius wypełniono skarbami: ocalonymi po wojnie dziełami sztuki, cennymi dubletami z Biblioteki Jagiellońskiej, zabytkami z Obserwatorium Astronomicznego oraz katedr i zakładów uniwersyteckich. W pomieszczeniu uwagę zwraca grający zegar, będący już czwartym mechanizmem zegarowym w dziejach gmachu. Pierwszy powstał zapewne z końcem XV w., a  obecny pochodzi z 2000 r. System komputerowy uruchamia pochód postaci oraz melodię pieśni akademickiej Gaudeamus igitur i motyw z tabulatury Jana z Lublina z XVI w. W orszaku porusza się sześć figur: pedel (woźny), królowa Jadwiga, król Władysław Jagiełło, św. Jan z Kęt, Hugo Kołłątaj i rektor Stanisław ze Skalbmierza.