Wystawa „Kraków – czas okupacji 1939-1945” prezentuje historię Krakowa i jego mieszkańców w czasie II wojny światowej. Jej częścią jest opowieść o Oskarze Schindlerze i uratowanych przez niego krakowskich Żydach. W czasie wojny działała w tym miejscu Fabryka Naczyń Emaliowanych Oskara Schindlera. Po wojnie  została znacjonalizowana, a w jej miejscu działały zakłady produkujące podzespoły elektrotechniczne. Nie zachowało się zatem pierwotne wyposażenie hal fabrycznych: maszyny i urządzenia fabryczne. Prezentowane w hallu muzeum obiekty związane z produkcją naczyń emaliowanych pochodzą z Fabryki Naczyń Emaliowanych w Olkuszu, gdzie kręcono także sceny do filmu „Lista Schindlera”(1993).