Muzeum mieści się od 1957 r. w dawnym budynku klasztoru dominikanów, który powstał w połowie XVII w. przez adaptację i rozbudowę kamienicy ofiarowanej dominikanom przez mieszczanina Kowalińskiego. Po pierwszym rozbiorze Polski i likwidacji zakonu (1777 r.) został w 1783 r. siedzibą starostwa austriackiego, zaś od 1918 r. starosty niepodległej Rzeczypospolitej. Obecne wnętrze poddasza zostało ukształtowane w wyniku adaptacji wcześniej nieużytkowego strychu, przeprowadzonej w latach 2013-2014 ze środków europejskich. Zachowano jednak zabytkową konstrukcję więźby dachowej z przełomu XVIII i XIX w., wymieniając jedynie jej najbardziej zniszczone elementy. Wykonano wtedy nowy strop i nową klatkę schodową. We wnętrzu tym prezentowane są wystawy czasowe oraz organizowane są różnorodne formy działalności edukacyjno-oświatowej muzeum. Muzeum jest samorządową instytucją kultury miasta Bochnia. Obecnie posiada ponad 20. tys. eksponatów w działach: archeologicznym, artystyczno-historycznym, etnograficznym, historycznym i przyrodniczym. Niektóre z nich zalicza się do istotnych zabytków w skali kraju. Inne mówią o bogatych dziejach królewsko-górniczego miasta (lokacja 1253 r.) i regionu.