W pierwszym krużganku budynku klasztornego pochodzącego z pierwszej połowy XVII wieku, znajdują się duże obrazy Założycieli Zakonu Cystersów: św. Roberta, św. Alberyka i św. Stefana Hardinga. Zakon Cystersów (Ordo Cisterciensis), został założony przez św. Roberta z Molesme, pierwszego opata z Citeaux (z łac. Cistercium) we Francji. Święty Alberyk (1050 – 1108) oraz święty Stefan Harding (1059 – 1134) byli reformatorami życia zakonnego i opatami klasztoru Citeaux. Historia opactwa cystersów w Szczyrzycu liczy ponad 750 lat. Jego fundatorem był wojewoda krakowski Teodor Cedro herbu Gryf, który cystersom z Jędrzejowa ofiarował rozległe tereny na Podtatrzu, gdzie Cystersi w 1234 r. założyli klasztor w Ludźmierzu. Kult Matki Bożej charakterystyczny dla cystersów stał się przyczyną rozpowszechnienia go najpierw w Ludźmierzu, gdzie jego symbolem stała się figurka Matki Boskiej Ludźmierskiej, a następnie w Szczyrzycu, w obrazie Matki Boskiej Szczyrzyckiej. Cystersi ludźmiersko-szczyrzyccy założyli Nowy Targ, zbudowali obronny zamek w Szaflarach, zamienili dzikie tereny w uprawne pola, uregulowali biegi rzek, budowali mosty, młyny i browary, zakładali sady owocowe i pasieki, a ponadto kształcili młodzież w rzemiośle, zwłaszcza związanym z rolnictwem. W okresie zaborów Cystersi ze Szczyrzyca utracili ziemię. Podczas okupacji hitlerowskiej w opactwie znalazło schronienie wielu uchodźców z różnych zakątków Polski. Za szczególne męstwo w czasie II wojny światowej opactwo szczyrzyckie zostało odznaczone Krzyżem Virtuti Militari. Po przemianach ustrojowych w Polsce Cystersi odkupili część ziem, na których kontynuują tradycje agrarne zakonu.