W nawie głównej kościoła widzimy pięknie odnowione ołtarze boczne, chór, organy z 1892 roku, a na suficie drugą część pięknej roślinnej polichromii, której autorem jest malarz Jan Bukowski. Budowę organów mechanicznych rozpoczęto w 1885 r., a ich ukończenie nastąpiło ostatecznie w 1892 r. Budowniczym instrumentu był wybitny organmistrz Tomasz Fall, który przy ich wykonaniu korzystał z warsztatu cysterskiego w Szczyrzycu. Po utworzeniu własnego warsztatu organmistrzowskiego wybudował w nim ok. 100 nowych organów i tyleż samo wyremontował lub rozbudował. W roku 1965 organy szczyrzyckie zostały rozbudowane o element pneumatyczny. Pozostałe ołtarze gruntownie odnowione kilkanaście lat temu pochodzą z okresu przebudowy kościoła w XVII wieku. Polichromia w całym kościele została odnowiona w 1968 roku.