Z czwartego krużganka przechodzi się do prezbiterium kościoła klasztornego. W centralnym miejscu świątyni znajduje się siedemnastowieczny ołtarz z cudownym obrazem Matki Bożej Szczyrzyckiej. Nie zachowała się kronika klasztorna zrabowana przez zaborców austriackich w 1794 roku i nie wiadomo jak obraz znalazł się w klasztorze oraz kto go namalował. Prawdopodobnie powstał między 1500 – 1600 rokiem. Obraz, w którym można dopatrywać się stylu gotyckiego i który nosi cechy manieryzmu włoskiego, został namalowany farbami temperowymi na desce lipowej o wymiarach 131 x 93 cm. Posiada dużą wartość artystyczną. Do czasu Soboru Watykańskiego II codziennie o świcie przed obrazem były odmawiane przez zakonników specjalne modlitwy do Matki Bożej, a następnie odprawiana była pierwsza Msza święta. Najstarszy zapis w Inwentarzu wskazuje, że przed rokiem 1705 obraz Matki Bożej Szczyrzyckiej miał srebrną sukienkę, którą zrabowali Szwedzi w 1705 roku. Po odzyskaniu niepodległości w 1918 roku obraz otrzymał nowe sukienki i korony, które zostały nałożone na obraz przez kardynała Adama Sapiehę 28 sierpnia w 1939 roku. Są one wyrazem kultu obrazu, zwłaszcza pielgrzymów ze Śląska. 19 sierpnia 1984 roku na jubileusz 750-lecia powstania klasztoru (1234 rok), obraz został ukoronowany koronami papieskimi. Po obydwu stronach prezbiterium znajdują się stalle zakonne z XIX wieku, w których zakonnicy siedem razy dziennie odmawiają modlitwy. Nad stallami po obydwu stronach znajdują się obrazy przedstawiające życie codzienne cystersów. Z lewej strony pod polichromiami widnieje napis:   ”Sic Deus vult”, który dotyczy drugiej wyprawy krzyżowej, do której wzywał zarówno papież Eugeniusz III, uczeń św. Bernarda, jak i św. Bernard z Clairvaux. Po prawej stronie znajduje się polichromia z napisem „Ora et Labora”. Obrazy te przedstawiają codzienne życie klasztorne cystersów, które upływało na modlitwie i pracy. Na suficie widnieje piękna polichromia roślinna autorstwa Jana Bukowskiego. Był on malarzem, rysownikiem i witrażystą, związanym z nurtem Młodej Polski. Na ścianach bocznych znajduje się polichromia wykonana w latach 60-tych XX wieku.