Zamkowe piwnice zajmują wschodnie i południowe skrzydła budynku. Najstarsza z nich, czternastowieczna, nosząca nazwę Gotyckiej zachowała typowe elementy tego stylu. To tutaj odczuwalne jest działanie tajemniczego czakramu. Legenda głosi, „że na rozkaz króla Kazimierza Wielkiego została przywieziona skrzynia, w której znajdował się wydobyty z najgłębszych miejsc wawelskiego wzgórza kamień o niesamowitej magicznej sile. Posłużył on jako kamień węgielny przy budowie zamku.” Kolejne piwnice powstałe podczas przebudowy zamku w XVI wieku, służyły do przechowywania win i mięs. Dziś są miejscem koncertów muzyki dawnej i współczesnej, recitali, spektakli, a także bankietów i przyjęć okolicznościowych. Organizatorem tych imprez jest Fundacja Zamek Królewski. Jako zarządca obiektu prowadzi również Centrum konferencyjne z hotelem i restauracją. Pokojom nadano królewskie imiona, wyposażono w wykonane na specjalne zamówienie dębowe meble, zapewniono łącze internetowe. W sali konferencyjnej przygotowanej dla 260 osób, odbywają się kongresy, szkolenia, wykłady, a spotkania biznesowe, bale i uroczystości rodzinne w pozostałych zamkowych wnętrzach: sali Portretowej, salonikach i największej sali Akustycznej.