II wojna światowa w Pieninach rozpoczęła się 1 IX 1939 r. Granicy broniły placówki Korpusu Ochrony Pogranicza, które przy znacznie mniejszych siłach zmuszone zostały do wycofania się w kierunku Nowego Sącza. 8 IX w Szczawnicy zaczęto lokalizować niemiecki aparat okupacyjny, powstała placówka gestapo, policja granatowa. Granicę kontrolowały niemieckie oddziały Grenzschutzu (straż graniczna), których strażnice znajdowały się min. w Białej Wodzie, Szlachtowej i Szczawnicy.

    Przez Pieniny prowadził jeden z głównych szlaków przerzutowych i kurierskich. W Szczawnicy powstały punkty przerzutowo-łącznikowe. Zaraz po klęsce wrześniowej z okupowanego kraju na południe Polski zaczęli licznie przybywać uchodźcy. Byli to głównie cywile, ale i żołnierze, którzy chcieli przedostać się do formowanej we Francji Armii Polskiej. Przerzucano na ogół grupy liczące od kilku do kilkunastu osób. Po przekroczeniu granicy przewodnicy prowadzili uciekinierów lasami na Słowację, dalej jechano do Koszyc i Budapesztu. W drodze powrotnej kurierzy przywozili do kraju pieniądze, tajne rozkazy, broń, itp. Przeprowadzali także emisariuszy, instruktorów wojskowych i inne osoby.

    28 VIII 1944 r. w Szczawnicy i Krościenku miało miejsce tzw. powstanie szczawnickie, do którego doszło w ramach akcji Burza (przygotowywanego w całym okupowanym kraju powstania powszechnego). Dowódca szczawnickiej placówki AK - por. Adam Czartoryski, ps. Szpak, dokonał szturmu na willę Renata, w której stacjonowało 46 kursantów granatowej policji wraz z niemieckimi instruktorami. Po otoczeniu budynku kursanci zastrzelili niemieckich przełożonych i po poddaniu się złożyli przysięgę przed Czartoryskim. Potem wspólnie z żołnierzami Szpaka, udali się w góry do jednego z oddziałów partyzanckich. Niemcy ściągnęli do Szczawnicy i Krościenka siły bojowe, które ostrzeliwały wycofujących się w Gorce partyzantów. Obie miejscowości cudem uniknęły pacyfikacji.