Zamek Lipowiec, oprócz funkcji obronnej i więziennej, był również okresową rezydencją biskupów krakowskich. Pomieszczenia mieszkalno-reprezentacyjne ulokowane były zapewne na II piętrze twierdzy. Mogły one powstać już w XV w. o czym świadczą ozdobne późno-gotyckie kafle piecowe, znalezione na terenie zamku górnego. Dokładny wygląd i układ części reprezentacyjnej zamku na przestrzeni wieków jest trudny do określenia, ze względu na brak informacji w przekazach źródłowych. Obecnie pomieszczenia na poziomie II piętra zachowane są do wysokości nadproży okiennych i pozbawione sklepień, stropów oraz podłóg. Według spisu inwentarza z 1789 r., największą część tej kondygnacji zajmował reprezentacyjny apartament biskupi. W jego skład wchodziły: obszerna alkowa (sypialnia), garderoba i kilka mniejszych wnętrz, zapewne dla urzędników biskupich oraz latryna (toaleta). Obok apartamentu znajdowała się sala audiencyjna, pokoje dla oczekujących na spotkanie z biskupem, a także pokoje dla służby. Oprócz pomieszczeń mieszkalno-reprezentacyjnych, na tym piętrze umieszczono również kilka cel więziennych, przylegających do II kondygnacji kaplicy. Całość zwieńczona była dwuspadowym dachem pokrytym gontem, pod którym znajdował się strych.