Po jego śmierci w 1660 r. budowę kościoła realizował jego bratanek ks. proboszcz Seweryn Miklaszewski, kanonik tarnowski. Na budowę utworzył fundacje z własnego kapitału. Ostatecznie budowę kościoła ukończył swoim sumptem ks. proboszcz Aleksander Nadolski około 1730 r. i postarał się o jego konsekracje, której dokonał biskup pomocniczy z Krakowa Michał Kunicki w dniu 26 września 1734 r.

Pod względem stylowym należy do kościołów barokowych i zgodnie z tradycją jest skierowany ku wschodowi. Początkowo rzut kościoła składał się z nawy prostokątnej i krótkiego prostokątnego prezbiterium, oddzielonego od nawy łukiem tęczowym. Ściany prezbiterium są podzielone pilastrami na dwa przęsła, a prezbiterium na cztery. Cała świątynia była nakryta sklepieniem beczkowym z lunetami. W nawie głównej pomiędzy pilastrami znajdowały się płytkie wnęki, w których znajdowały się boczne ołtarze i konfesjonały. Przy północnej ścianie prezbiterium usytuowano zakrystie, a w niej zachowało się sklepienie krzyżowo żebrowe z dekoracją stiukową z XVII w.

W latach 2020-2022 r.  kościół św. Marii Magdaleny w Szczucinie przeszedł kompleksową konserwację i renowację w ramach projektu pn. „Z architekturą przez wieki - renowacja 4 zabytkowych kościołów diecezji tarnowskiej” w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020.