Gotycko-renesansowy budynek muzeum powstał na początku XVI wieku z fundacji biskupa płockiego Erazma Ciołka, kanonika krakowskiego i sekretarza króla Aleksandra Jagiellończyka. Dziś jest oddziałem Muzeum Narodowego w Krakowie, w którym prezentowane są dwie galerie stałe: „Sztuka Dawnej Polski. XII-XVIII wiek” oraz „Sztuka Cerkiewna Dawnej Rzeczypospolitej”. Można tu znaleźć prawdziwe skarby późnośredniowiecznej rzeźby i malarstwa, jak Madonna z Krużlowej, Osiołek Palmowy z Szydłowca, Chrystus w Ogrodzie Oliwnym Wita Stwosza, Epitafium Wierzbięty z Branic, czy też zrekonstruowane tabernakulum z Wawelu włoskiego rzeźbiarza Jana Marii Padovana. Można podziwiać także unikatową kolekcję ikon, uznawaną za najcenniejszy zbiór malarstwa cerkiewnego w Europie Środkowej - wśród nich bezcenne ikony XV i XVI-wieczne z rejonu Karpat, określane także jako zachodnioruskie. W salach pałacu można również podziwiać prace Wita Stwosza i artystów z jego kręgu. W piwnicach mieści się kolekcja studyjna rzeźby architektonicznej „Kraków na wyciągnięcie ręki”. W Pałacu Biskupa Ciołka prowadzona jest także działalność edukacyjna.