Pierwsza wzmianka o myślenickiej parafii pochodzi z 1325 roku. Drewniany kościół Narodzenia Najświętszej Maryi Panny wzniesiono w XIII wieku, w miejscu gdzie dziś stoi kościół świętego Jakuba. Nowy, murowany kościół wzniesiony w XV wieku, zburzyli w 1457 roku zbuntowani żołnierze, którzy z kamieni z kościoła sypali wały obronne. Obecny jednonawowy kościół zbudowano w 1465 roku. W 1543 roku dobudowano do niego wieżę z neogotycką nadbudową z lat 1900–1901, projektu Jana Sasa-Zubrzyckiego. W latach 1642–1646 z fundacji Koniecpolskich stanęła wczesnobarokowa kaplica Matki Bożej, w XVII wieku zakrystia, w XVIII wieku kaplica Pana Jezusa i w XIX wieku kruchty.

W kaplicy znajduje się uchodzący za cudowny, obraz namalowany we Włoszech w XVI wieku przez nieznanego malarza. Wizerunek należący do papieża Sykstusa V do Polski przywiózł książę Jerzy Zbaraski. Podczas epidemii zarazy obraz miał być spalony w pałacu Zbaraskich, lecz ukrył go mieszkający pod Myślenicami oficjalista księcia, który wierzył, że za sprawą Maryi odzyskał wzrok. Wkrótce potem obraz trafił do kościoła w Myślenicach i stał się celem pielgrzymek. Z czasem kult Matki Bożej Myślenickiej przygasł mimo koronowania jej koronami papieskimi w 1969 roku. Na obrazie z myślenickiego sanktuarium wzorowany jest wizerunek Matki Bożej Kalwaryjskiej z Kalwarii Zebrzydowskiej.

Najważniejsze uroczystości mają miejsce 8 września w święto Narodzenia Najświętszej Maryi Panny. Ponadto od maja do października każdego trzynastego dnia miesiąca, odbywają się nocne nabożeństwa fatimskie z czuwaniem.