Das um 1536 von Hetman Jan Tarnowski gestiftete Grabmal der drei Jan' wurde in der Wawel-Werkstatt von Bartholomeo Berecci angefertigt. Es zeigt den Vater von Hetman Tarnowski – Jan Amor, seinen Bruder Jan und seinen Sohn Jan Aleksander, der im Säuglingsalter starb. Ursprünglich befand sich dieses Denkmal im Chor und war ein mehrgeschossiges Grabmonument. Als 1561 nach dem Tod von Hetman Jan Tarnowski mit dem Bau eines Denkmals für ihn begonnen wurde, verlegte man das Grabmal seines Vaters und seines Bruders, das in einer von Giovanni Maria Padovano vorgeschlagenen überarbeiteten Fassung in der Annenkapelle aufgestellt wurde. Unter der Orgelempore befindet sich das ehemalige spätgotische Gestühl vom Ende des 15. Jh., das im 16. Jh. aus dem Chor hierher verlegt wurde, um Platz für die Grabmäler zu schaffen. Unter den zehn erhaltenen Denkmälern der gotischen Holzschnitzerei dieser Art in der Region Małopolska zeichnet sich das Chorgestühl von Tarnów durch seine originelle Verzierung und die Größe aus. Unter dem Boden der Basilika befinden sich Gruften. Es sind insgesamt sieben: zwei im Chor, unter den Grabmälern der Grafen Tarnowski und der Fürsten Ostrogski, die dritte befindet sich unter dem Hauptschiff. Zwei weitere, ebenfalls Begräbnisstätten der Tarnowski, befinden sich unter der ehemaligen Kapelle der Entsendung der Apostel, und je eine in den ehemaligen Kapellen des hl. Kreuzes und der hl. Anna. Sie sind alle aus Backstein gemauert und überwölbt. Für die Öffentlichkeit zugänglich ist nur eine Gruft, die sich im nördlichen Seitenschiff unter der ehemaligen St.-Anna-Kapelle befindet. Sie enthält zwei große Steinsarkophage, die als Grabstätten für Pater Andrzej Tarło (1642), den Propst der örtlichen Stiftskirche, Bischof Józef Grzegorz Wojtarowicz, 1840–1850 Ordinarius von Tarnów, Bischof Franciszek Lisowski (1939), Bischof Jan Stepa (1959) und Erzbischof Jerzy Ablewicz (1990) dienen. Die Sgraffitodekoration, die das Gewölbe dieser Krypta schmückt, bezieht sich auf die christliche Eschatologie und die Seligsprechung von Karolina Kózkówna im Jahr 1987. In der Gruft der Tarnowski unter dem Chor blieb wahrscheinlich der Sarg von Hetman Jan Tarnowski erhalten, bezogen mit rotem Leder mit Metallpailletten. In der Gruft der Ostrogski, die vom südlichen Seitenschiff aus zugänglich ist, blieben zwei Zinnsärge erhalten, einer von Fürsten Janusz (1620) und der andere von seiner Frau Zuzanna (1596).