Der als Kopernikus-Schatzkammer bekannte Raum ist eine Ausstellung, die einem der berühmtesten Studenten der Universität gewidmet ist. Er beherbergt eine einzigartige Gruppe von drei mittelalterlichen astronomischen Instrumenten, die zu den weltweit wertvollsten Artefakten dieser Art gehört und der Universität 1493 von Professor Marcin Bylica aus Olkusz, dem damaligen Hofastrologen des ungarischen Königs Matthias Corvinus in Buda, vermacht wurde. Dieses für die Universität so kostbare Geschenk wurde wahrscheinlich von dem jungen Nikolaus Kopernikus während seines Studiums gesehen. Dieses Set – ein Astrolabium, ein Torquetum und ein Himmelsglobus mit Astrolabium – wird in der Ausstellung durch andere, ebenso wertvolle astronomische Instrumente ergänzt, darunter mehrere Astrolabien, Sonnenuhren und Kopien von Dokumenten sowie dem berühmten Werk „De revolutionibus orbium coelestium”.