Seit Anfang des 16. Jahrhunderts ist das Hauptgebäude der Universität ein ständiger Aufbewahrungsort für historische Artefakte, bereits im 18. Jahrhundert begann man, das Collegium Maius als Museum zu bezeichnen. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde durch den Beschluss des Senats der Jagiellonen-Universität (Uniwersytet Jagielloński) das Museum der Jagiellonen-Universität mit Sitz im Collegium Maius eingerichtet. Mit diesem Ereignis wurde eine jahrhundertealte Tradition des Sammelns von Erinnerungsstücken an die Universität offiziell bestätigt, die bis in die Anfangsjahre der Universität zurückreicht. In den 1960er Jahren, nach einer 15-jährigen Renovierungszeit, füllten sich die Räume des neu eingerichteten Museums der Jagiellonen-Universität im Collegium Maius mit Schätzen: Kunstwerken, die vom Krieg gerettet wurden, wertvollen Dubletten aus der Jagiellonischen Bibliothek (Biblioteka Jagiellońska), Artefakten des Astronomischen Observatoriums (Obserwatorium Astronomiczne UJ) sowie der Fakultäten und Institute der Universität. Bemerkenswert ist im Raum die Uhr mit Spielwerk, mittlerweile die vierte in der Geschichte des Gebäudes. Die erste wurde wahrscheinlich Ende des 15. Jahrhunderts angefertigt, die heutige stammt aus dem Jahr 2000. Das Computersystem setzt einen Zug von Figuren in Bewegung, spielt die Melodie des akademischen Liedes Gaudeamus igitur und zeigt ein Motiv aus der Tabulatur von Jan aus Lublin aus dem 16. Jahrhundert. In der Prozession bewegen sich sechs Figuren: der Pedell (Hausmeister), Königin Jadwiga, König Władysław Jagiełło, Rektor Stanisław aus Skalbmierz, Hugo Kołłątaj, hl. Johannes von Krakau.