Im ersten Kreuzgang des Klostergebäudes aus der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts befinden sich großformatige Darstellungen der Gründer des Zisterzienserordens – die hll. Robert, Alberich und Stephan Harding. Der Zisterzienserorden (Ordo Cisterciensis) wurde vom hl. Robert von Molesme, dem ersten Abt von Citeaux (lateinisch: Cistercium) in Frankreich, gegründet. Der hl. Alberich (1050–1108) und der hl. Stephan Harding (1059–1134) waren Reformer des klösterlichen Lebens und Äbte des Klosters Citeaux. Die Geschichte der Zisterzienserabtei in Szczyrzyc ist mehr als 750 Jahre alt. Ihr Stifter war der Woiwode von Krakau (Kraków), Teodor Cedro mit dem Wappen Gryf, der den Zisterziensern aus Jędrzejów große Gebiete im Tatra-Vorland (Podtatrze) überließ, wo sie 1234 in Ludźmierz ihr erstes Kloster bauten. Die für die Zisterzienser charakteristische Verehrung der Gottesmutter resultierte in der Verbreitung des Kultes zunächst in Ludźmierz, wo die Statue der Muttergottes von Ludźmierz verehrt wurde, und dann in Szczyrzyc, wo sich das Gnadenbild der Muttergottes von Szczyrzyc befindet. Die Zisterzienser von Ludźmierz und Szczyrzyc gründeten die Stadt Nowy Targ, bauten eine Wehrburg in Szaflary, verwandelten wilde Landschaften in bewirtschaftete Felder, regulierten den Lauf von Flüssen, bauten Brücken, Mühlen und Brauereien, legten Obstgärten und Bienenstände an und bildeten junge Menschen in handwerklichen Berufen aus, insbesondere im Bereich Landwirtschaft. Nach den Teilungen Polens verloren die Zisterzienser von Szczyrzyc ihr Land. Während der Nazi-Besatzung fanden in der Abtei viele Flüchtlinge aus verschiedenen Teilen Polens Zuflucht. Für ihre herausragende Tapferkeit während des Zweiten Weltkriegs wurde die Abtei Szczyrzyc mit dem Kreuz Virtuti Militari ausgezeichnet. Nach der politischen Wende in Polen kauften die Zisterzienser einen Teil des Landes zurück und setzen dort die landwirtschaftlichen Traditionen des Ordens fort.