Vom vierten Kreuzgang aus betritt man den Chor der Klosterkirche. An zentraler Stelle der Kirche befindet sich ein Altar aus dem 17. Jahrhundert mit dem Gnadenbild der Muttergottes von Szczyrzyc. Da die Klosterchronik 1794 von den österreichischen Besatzern geraubt wurde und verschollen ist, lässt sich nicht mehr bestimmen, wie das Gemälde in das Kloster gelangte und wer es malte. Es wurde wahrscheinlich zwischen 1500 und 1600 angefertigt. Das Bild, in dem sich Stilelemente der Gotik und Merkmale des italienischen Manierismus erkennen lassen, wurde mit Temperafarben auf einem 131 x 93 cm großen Lindenholzbrett gemalt. Es ist von großem künstlerischem Wert. Bis zum Zweiten Vatikanischen Konzil beteten die Mönche jeden Tag im Morgengrauen vor dem Bild ein besonderes Gebet zur Jungfrau Maria, anschließend wurde die erste Messe gelesen. Den ersten Inventareinträgen zufolge war das Gnadenbild der Muttergottes von Szczyrzyc vor 1705 mit einem silbernen Kleid verziert, das 1705 von den Schweden geraubt wurde. Nach der Wiedererlangung der Unabhängigkeit im Jahr 1918 erhielt das Bild neue Kleider und Kronen, die am 28. August 1939 von Kardinal Adam Sapieha feierlich aufgesetzt wurden. Sie sind Ausdruck des besonderen Kultes des Gnadenbildes, insbesondere durch Pilger aus Schlesien (Śląsk). Am 19. August 1984, anlässlich des 750. Jahrestages der Klostergründung (1234), wurde das Bild mit päpstlichen Kronen gekrönt. Auf beiden Seiten des Chors befindet sich Gestühl aus dem 19. Jahrhundert, in dem die Mönche sieben Mal am Tag beten. Über dem Gestühl sind auf beiden Seiten Bilder angebracht, die das tägliche Leben der Zisterzienser darstellen. Links unter den Wandmalereien befindet sich die Inschrift: „Sic Deus vult“, die sich auf den zweiten Kreuzzug bezieht, zu dem sowohl Papst Eugenius III., ein Schüler des hl. Bernhard, als auch der hl. Bernhard von Clairvaux aufgerufen hatten. Auf der rechten Seite befindet sich ein Fresko mit der Inschrift „Ora et Labora“. Diese Bilder veranschaulichen das tägliche Leben des Zisterzienserklosters, das von Gebet und Arbeit geprägt war. Die Decke schmückt ein prachtvolles polychromes Gemälde von Jan Bukowski mit floralen Motiven. Er war Maler, Zeichner und Glasmaler, der mit der Strömung Junges Polen verbunden war. An den Seitenwänden befinden sich Wandmalereien aus den 1960er Jahren.