Die Schlosskeller erstrecken sich unter dem Ost- und dem Südflügel des Gebäudes. Der älteste von ihnen, der aus dem 14. Jahrhundert stammt und als Gotischer Keller bezeichnet wird, bewahrte die typischen Elemente dieses Stils. Hier ist die Wirkung eines geheimnisvollen Chakras zu spüren. Einer Legende zufolge wurde „auf Befehl von König Kasimir dem Großen eine Truhe hierhergebracht, in der sich ein Stein von unglaublicher magischer Kraft befand, der an den tiefsten Stellen des Wawel-Hügels ausgegraben wurde. Er wurde als Grundstein für den Bau des Schlosses benutzt.“ Die späteren Keller, die beim Umbau des Schlosses im 16. Jahrhundert entstanden, dienten zur Lagerung von Wein und Fleisch. Heute sind sie Veranstaltungsort von Konzerten alter und zeitgenössischer Musik, Recitals, Aufführungen sowie Empfängen und Festen. Diese Veranstaltungen werden von der Stiftung Fundacja Zamek Królewski organisiert. Als Verwalterin des Objekts betreibt sie auch ein Konferenzzentrum mit Hotel und Restaurant. Die Zimmer erhielten königliche Namen, sind mit maßgefertigten Eichenmöbeln ausgestattet und verfügen über Internetanschluss. Im Konferenzsaal mit 260 Plätzen finden Kongresse, Schulungen und Vorträge statt, während Geschäftstreffen, Bälle und Familienfeiern in den anderen Räumen des Schlosses veranstaltet werden: im Porträtsaal, in den kleinen Salons und im größten Akustiksaal.