Das ökotoxikologische Labor des IB PAN ist mit hochwertigen Messgeräten ausgestattet (die wichtigsten sind Spektrophotometer und Chromatographen), die Fachanalysen von Pflanzen, Böden und Gewässern im Bereich der Ökotoxikologie durchführen lassen. Man findet dort spezielle Räume wie Labors für Chromatographie, Spektralphotometrie, Schwefel- und Kohlenstoffanalyse, Stickstoffanalyse. Auf der Grundlage der durchgeführten chemischen Analysen werden alle Forschungsprojekte der Mitarbeiter dieser Einrichtung durchgeführt, sowohl im Rahmen ihrer vorgesehenen Tätigkeiten als auch im Zusammenhang mit Projekten, die von anderen Einrichtungen finanziert werden. Das Labor der Abteilung für Ökologie arbeitet zusammen mit dem Institut für Dendrologie der Polnischen Akademie der Wissenschaften (Instytut Dendrologii Polskiej Akademii Nauk) in Kórnik, dem Institut für Botanik der Jagiellonen-Universität (Instytut Botaniki Uniwersytetu Jagiellońskiego), der Stiftung für Polnische Botanik in Krakau (Fundacja Botaniki Polskiej w Krakowie), der Schlesischen Universität (Uniwersytet Śląski) in Katowice, gelegentlich auch mit anderen nationalen Stellen, die an der Durchführung chemischer Analysen interessiert sind, Centre for Ecology & Hydrology, Natural Environmental Research Council, Bangor, Vereinigtes Königreich, Frank Laboratory of Neutron Physics, Joint Institute for Nuclear Research, Dubna, Russische Föderation.