Der Zweite Weltkrieg begann in den Pieninen (Pieniny) am 1. September 1939. Die Grenze wurde von Vorposten des Grenzschutzkorps (Korpus Ochrony Pogranicza) verteidigt, die zahlenmäßig unterlegen waren und sich in Richtung Neu Sandez (Nowy Sącz) zurückziehen mussten. Am 8. September begannen die deutschen Besatzer, in Szczawnica ihren Machtapparat einzurichten, mit einem Posten der Gestapo und der polnischen Polizei im Generalgouvernement, der sog. „Blauen“ Polizei. Die Grenze wurde von deutschen Grenzschutzeinheiten kontrolliert, deren Wachtürme sich u. a. in Biała Woda, Szlachtowa und Szczawnica befanden.

    Durch die Pieninen führte eine der wichtigsten Transport- und Kurierrouten. In Szczawnica wurden Verbindungs- und Transportpunkte eingerichtet. Unmittelbar nach der polnischen Niederlage im Septemberfeldzug kamen aus dem besetzten Land in großer Zahl Flüchtlinge in Südpolen an. Es handelte sich hauptsächlich um Zivilisten, aber auch um Soldaten, die die in Frankreich neuentstehende polnische Armee erreichen wollten. Über die Grenze geschmuggelt wurden in der Regel Gruppen von ein paar bis zu einem Dutzend Personen. Nach dem Grenzübertritt führten die Führer die Flüchtlinge durch die Wälder in die Slowakei und dann weiter nach Kaschau und Budapest. Auf dem Rückweg brachten die Kuriere Geld, Geheimaufträge, Waffen usw. ins Land. Sie führten über die Grenze auch Abgesandte, militärische Ausbilder und andere Personen.

    Am 28. August 1944 fand in Szczawnica und Krościenko der so genannte Szczawnica-Aufstand statt, der im Rahmen der Operation Sturm (des Generalaufstandes, der im gesamten besetzten Land vorbereitet wurde) erfolgte. Der Kommandeur der Heimatarmee von Szczawnica, Leutnant Adam Czartoryski, Deckname „Szpak“, stürmte die Villa Renata, in der 46 Auszubildende der Blauen Polizei und ihre deutschen Ausbilder untergebracht waren. Nachdem das Gebäude umstellt wurde, erschossen die Auszubildenden ihre deutschen Vorgesetzten und legten nach der Kapitulation vor Czartoryski einen Eid ab. Dann zogen sie zusammen mit den Soldaten von Szpak in die Berge zu den Partisanen. Die Deutschen holten nach Szczawnica und Krościenko Kampftruppen, die die sich ins Gorce-Gebirge zurückziehenden Partisanen beschossen. Beide Städte konnten wie durch ein Wunder einer sog. „Pazifikation“ entgehen.