Das Obergeschoss des Westflügels der Burg entstand wahrscheinlich während des Umbaus im 16. Jahrhundert, als Lipowiec zunehmend als Gefängnis genutzt wurde. Inhaftiert wurden hier Personen, die der bischöflichen Jurisdiktion in der Diözese Małopolska unterstanden. Geistliche, die strafbar geworden waren, wurden nicht vor weltlichen Gerichten, sondern vor ihren eigenen – kirchlichen – Gerichten angeklagt und in das hiesige Gefängnis eingewiesen. Während der Amtszeit von Bischof Jan Konarski wurden 1516 mehrere Brüder des Krakauer Franziskanerordens in Lipowiec eingekerkert. Sie wurden zu Tode verurteilt für den Mord an Alberto Fontini, dem Kommissar der Franziskanerprovinz Böhmen und Polen. Neben Geistlichen, die gegen das Kirchenrecht verstießen, inhaftierte man hier auch Propagandisten und Anhänger der Reformation, die sich in Polen und ganz Europa rasch ausbreitete. Das heutige Aussehen und die Aufteilung der Räume stammen aus der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts, als die Festung in ein Demeritenhaus für den Klerus umgewandelt wurde. Entlang des breiten Korridors gibt es eine Reihe von Zellen, von denen die äußerste (südliche) ursprünglich aus zwei Innenräumen bestand. In diesen kleinen, gewölbten Räumen sind von der ursprünglichen schlichten Einrichtung nur Wandnischen für Regale und gemauerte Latrinen (Toiletten) unter den Fenstern erhalten. Am Eingang einer der Zellen blieb eine Öffnung erhalten, durch die die Gefangenen Wasser und Essen erhielten, ohne die Tür öffnen zu müssen. Die Räume waren unbeheizt und die einzige Feuerstelle, die von den Wachen benutzt wurde, befand sich auf dem Flur. Die karge Einrichtung und die verwendeten technischen Lösungen lassen vermuten, dass diese Einzelzellen Orte der Isolation für Sträflinge waren, die die schlimmsten Straftaten begangen hatten.