Alle Elemente der barocken Innenausstattung der Basilika sind dem Kult des leeren Heiligen Grabes untergeordnet. Die zentrale Szene des Altars bildet die Auferstehungsszene, die das Fundament des Christentums darstellt. Er wurde zwischen 1765 und 1771 errichtet, von dem Holzschnitzer Mikołaj aus Krakau (Kraków) und Wojciech Rojowski. Der triumphierende Christus in strahlender Gloria schwebt über dem Grab vor einem Wolkenhintergrund. Er ist in ein langes Perzonium bekleidet und hält in seiner linken Hand das Banner der Auferstehung – eine Fahne des Sieges über Tod und Satan. Am leeren Grab sind römische Soldaten zu sehen, geblendet durch das Licht und verängstigt. Die Szene wird von drei Frauen begleitet, die mit wohlriechenden Ölen zum Grab eilen. Die übernatürlich großen Frauenfiguren und die Figur eines Engels wurden zwischen Säulen angebracht. Die Bekrönung des Altars bildet die Figur des Gottvaters, der in den Wolken, umgeben von Engeln schwebt. Er ist in ein langes Gewand gekleidet, mit Krone auf dem Haupt und einem Zepter in der linken Hand. Er wird als Greis dargestellt, der sich an eine goldene Kugel lehnt, die die Erde symbolisiert, seine rechte Hand hält er im Segensgestus hoch. Am Triumphbogen, der den Chor mit dem Kirchenschiff verbindet, wurden auf beiden Seiten Altäre aufgestellt, in denen der ideologische Inhalt des Hauptaltars seine Fortsetzung findet. Ein Altar stellt Jakobus den Jüngeren als Bischof von Jerusalem dar. Einer Überlieferung zufolge zeichnete Maria auf der Brust des hl. Jakobus mit dem Blut Christi ein Kreuzzeichen und fügte dem Kreuz einen zweiten Balken hinzu, als Erinnerung an den Titulus INRI, und ernannte ihn somit zum Wächter des Grabes Christi. Daher rührt auch die Form des Kreuzes, das die Ordensritter vom Heiligen Grab als ihr Symbol wählten. Der zweite Altar stellt den hl. Augustinus dar, dessen Regel die Ordensritter übernahmen. Bemerkenswert ist hier auch das prachtvolle Rokoko-Chorgestühl aus Eichenholz, verziert mit Reliefs in Form des Wappens des Reiterordens vom Heiligen Grab, in dem die Chorherren saßen.