Das nördliche Kirchenschiff ist der Passion und dem Tod Christi gewidmet. Im Hauptaltar ist die Kreuzigungsgruppe zu sehen, mit einem spätgotischen Kruzifix aus dem frühen 16. Jahrhundert. Diese spätgotische Figur des Gekreuzigten überstand den Brand am 19. April 1745 und blieb als eines der wenigen Relikte der damaligen Kirche bis heute erhalten. Im Hauptteil der Altarmensa wurde an der Front die Darstellung von Golgatha und der Arma Christi – den Instrumenten der Passion des Herrn – angebracht. Der Seitenaltar des nördlichen Kirchenschiffs mit einem Gemälde von Franciszek Smuglewicz ist der hl. Anna gewidmet. An seinen Seiten befinden sich Statuen von Abraham und David. Bei den weiteren an den Säulen angebrachten Figuren handelt es sich um Personen, die Christus auf dem Kreuzweg begleiteten (hl. Veronika, Longinus, Josef von Arimathäa) und um die ersten Märtyrer (hll. Laurentius und Stephanus). Links vom Altar befindet sich ein Durchgang zu einer kleinen Kapelle, die hl. Antonius von Padua gewidmet ist. Über dem Durchgang ist ein Balkon mit schöner Rokoko-Dekoration angebracht. Rechts vom Altar sind zwei große Gemälde zu sehen, auf denen prominente Generalpröbste des Ordens abgebildet sind: der letzte Vorgesetzte des Ordens vom Heiligen Grab, Bischof Tomasz Nowina-Nowiński in seinem Pontifikalgewand, und Jakub Radliński vor dem Hintergrund der Bibliothek. Ein Stück weiter befindet sich der Ausgang zum Pfarrgarten, der durch ein klassizistisches Marmorportal führt. Im westlichen Teil des Kirchenschiffs befindet sich ein Ausgang zum Kreuzgang, der zur Kapelle des Heiligen Grabes führt, und rechts davon ein Wandgrabmal aus schwarzem Dębnik-Marmor mit einer barocken Darstellung auf Blech, die Herzog Jaksa zeigt.