Die Geschichte der Margaretenkirche ist eng mit der Geschichte der Stadt Nowy Sącz verwoben. Zusammen mit der Stadt hat sie Zeiten der Blüte und Momente der Zerstörung erlebt. Die erste urkundliche Erwähnung der Basilika stammt aus dem Jahr 1303. Die heilige Margarete, eine Jungfrau und Märtyrerin, die 278 für ihren Glauben enthauptet wurde, war ihre erste Schutzpatronin. Und so ist es bis heute geblieben. Die Kirche wurde im gotischen Stil errichtet, mit Wänden aus Backstein und Naturstein und gotischem Gewölbe. Im Laufe der Zeit wurden am ursprünglichen Korpus Kapellen angebaut, von den einstigen zwei gotischen Türmen blieb einer erhalten (er wurde als Glockenturm genutzt). Am 14. Juli, dem Tag der Heiligen Margarete, fanden hier Märkte statt. Die Kirche wurde reich ausgestattet und verziert. Die markanten Figuren der Heiligen Margarete, Katharina, Dorothea und Barbara wurden über dem Steinportal des Haupteingangs aufgestellt. Die folgenden Jahre hinterließen auch ihre Spuren in der Architektur der Basilika, die man bei der Generalsanierung nach dem Zweiten Weltkrieg zu erhalten versucht hat. Heute weist die Margaretenkirche in Nowy Sącz sowohl gotische als auch barocke Elemente auf und ist mit zwei Türmen flankiert. Im Hauptaltar befindet sich eine Darstellung der Verklärung des Herrn, das wahrscheinlich aus dem 15. Jahrhundert stammt.

In den Jahren 2020-2022 wurde die Margaretenkirche in Nowy Sącz im Rahmen des Projekts "Mit Architektur durch die Jahrhunderte – Renovierung von 4 historischen Kirchen der Diözese Tarnów", das vom Regionalen Operationellen Programm der Wojewodschaft Małopolska 2014-2020 kofinanziert wird, umfassend restauriert und erneuert.