Gucci, autor przebudowy synagogi ok. 1550 r., zachował dwunawowy układ wnętrza, odtworzył gotyckie sklepienie i wsparł je na toskańskich kolumnach. Wnętrze ozdobiły dwie nowe dominanty. Pomiędzy kolumnami stanęła bima w kształcie kutego w żelazie baldachimu na dwunastobocznym, kamiennym cokole. Płynęły z niej słowa Tory, czytanej w Szabaty, święta doroczne i uroczystości, umoralniające kazania i obwieszczenia władzy państwowej i gminnej. Pośrodku wschodniej ściany wykonano nową arkę na zwoje Tory. Jej dekoracja, mająca źródło w renesansowej sztuce krakowskiej 1 poł. XVI w., stanowi oprawę motywów ściśle żydowskich: królewskiej korony z hebrajską inskrypcją i wieńczącego ją drzewa życia. Umieszczone nad niszą ze zwojami Tory, głoszą chwałę zawartej w niej nauki i przywołują słowa Biblii, porównujące ją do drzewa żywota, obdarzającego długim życiem i bogactwem tych, którzy kierują się jej mądrością. Przy stopniach prowadzących na platformę przed arką jest pulpit dla kantora prowadzącego modły. Symboliczne obniżenie posadzki w tym miejscu nawiązuje do słów Psalmu 130: „Z głębokości wołam do Ciebie, Panie”. W XVII w. arka otrzymała płaskorzeźbione drzwi, a w XIX w. obramienie w postaci naściennej zasłony iluzjonistycznej.