El parque abarca la parte más interesante de las montañas: unas islas apartadas de los Pienines principales que parecen ser muy escarpadas. Este terreno estaba protegido ya antes de la Segunda Guerra Mundial, pero el nombre actual del parque funciona desde 1954. Abismos, montes escarpados y aislados, rocas, cañones y el maravilloso valle de Dunajec que corta la cordillera, crean un rincón lleno de un encanto misterioso. La cima más alta del parque es Okrąglica, situada en el macizo de Tres Coronas (982 msnm). El suelo de cal, una enorme variedad geomorfológica y una altitud moderada de las montañas provocan que la flora es muy variada. Además de los bosques de haya y abeto, estos terrenos se caracterizan por las praderas floridas (con una riqueza enorme de las especies, incluidas más de 10 especies de orquideas) y las hierbas en las rocas. En dichas rocas se refugian dos especies endémicas (que aparecen sólo en los Pienines): mniszek pieniński (un tipo de diente de león) y pszonak pieniński (Erysimum pieninicum) y una reliquia, el crisantemo de Zawadzki que aparece en los terrenos extensos de la Asia Central, mientars que en Europa tan solo en los Pienines. Estas montañas destacan por la riqueza de su fauna. Se estima que aquí vive la mitad de las especies de Polonia. La mayoría son insectos. En los bosques aparece el lince y el gato montés. Las montañas constituyen un refugio para búho real, águila pomerana y águila real. Sin embargo, la fama y la irrepetibilidad del parque se debe al paisaje, lo que se subraya en el logo del parque, en el cual aparecen las aguas de Dunajec que cortan las cimas de las montañas.