Drewniany kościół zbudowano po 1273 roku. W 1460 roku ksiądz Paweł z Zatora wzniósł prezbiterium i rozpoczął budowę zakrystii. Dalsze prace nad kościołem w stylu nadwiślańskiego gotyku, w latach 1470–1476 prowadził krakowski kanonik Jan Długosz. Wzniesiono nawę i kruchtę, wykonano sklepienie prezbiterium i dzwonnicę. Charakterystyczne było użycie mocno palonych cegieł układanych na ścianach w czarne wzory oraz detalu kamieniarskiego. 
To kościół jednonawowy z prostokątną nawą krytą drewnianym stropem kasetonowym, z węższym prezbiterium zakończonym prosta ścianą ze sklepieniem krzyżowo-żebrowym, z przylegającą zakrystią. Na dwuspadowym dachu umieszczono sygnaturkę. Kościół otaczają uskokowe przypory. W kruchcie ze współczesną polichromią, znajduje się kamienna tablica erekcyjna z 1476 roku z inskrypcją i płaskorzeźbą świętej Małgorzaty. 
Wnętrze zdobią detale kamieniarskie, ostrołukowe portale uskokowo-schodowate i kartusze z herbami. Wyróżnia się barokowy ołtarz główny, dzieło Antoniego Frąckiewicza, z gotyckim krucyfiksem z 1440 roku, obraz Matki Boskiej Śnieżnej z 1626 roku, renesansowa płyta nagrobna księdza Walentego Brzostowskiego z 1586 roku oraz renesansowe epitafia z XVI wieku. W nawie głównej w 1963 roku odkryto renesansowe polichromie z XVII wieku. 
Kościelna dzwonnica ma murowaną podstawę z 1476 roku oraz drewnianą górę z izbicą i hełmem z XIX wieku. Na bramie w kościelnym murze stoją figury świętych, Małgorzaty i Stanisława biskupa. 
Świątynią od wieków opiekuje się kapituła krakowska. Dlatego latem 1944 roku kardynał Adam Sapieha skierował tu na wakacje młodego Karola Wojtyłę, kleryka tajnego seminarium duchownego. W kolejnych latach przyszły papież dwukrotnie spędzał tu wakacje, wędrował wśród pól, na których miała stanąć Nowa Huta, aż do klasztoru cystersów w Mogile, studiował dzieła teologiczne i poznawał problemy małej wiejskiej parafii.
Odpust w dzień świętej Małgorzaty Dziewicy i Męczennicy przypada na niedzielę po 13 lipca.