Muzeum było dziełem życia profesora Stanisława Fischera, badacza historii, dziejów Bochni, zapalonego kolekcjonera. Do nowo otwartego gmachu, w którym w czasach zaborów urzędował starosta austriacki, ofiarował bogate zbiory, wśród nich między innymi: sztukę ludową, starodruki, rękopisy, dawne księgi żupne, pamiątki cechowe, militaria. Uwagę przykuwają dziś także wybitne dzieła sztuki kultur pozaeuropejskich (Afryka, Azja, Ameryka Południowa), galeria malarstwa artystów polskich XIX i XX wieku (między innymi dzieła Axentowicza, Boznańskiej, Malczewskiego, Pankiewicza, Wyczółkowskiego). Dopełnieniem bogatych zbiorów muzeum są judaika, będące pozostałością po licznej społeczności żydowskiej zamieszkującej przedwojenną Bochnię. Warto odwiedzić podwórze muzeum z drewnianym gankiem z balustradą z profilowanych belek. W murze dziedzińca, od strony wschodniej zachowała się późnobarokowa furta z końca XVIII wieku.