Muzeum powstało w 1938 roku w budynku w którym niegdyś znajdowało się schronisko dla bezdomnych, założone przez Adama Chmielowskiego, znanego później jako Brat Albert Chmielowski.

Adam Chmielowski urodził się w 1845 roku w Igołomi. Edukację rozpoczął w Korpusie Kadetów. Uczył się w Gimnazjum Realnym Jana Pankiewicza. W 1861 r. podjął studia w Instytucie Politechnicznym i Rolniczo-Leśnym w Nowej Aleksandrii (Puławy), gdzie poznał i zaprzyjaźnił się z wybitnym malarzem Maksymilianem Gierymskim. Walczył w powstaniu styczniowym, w którym stracił nogę i dostał się do niewoli.  Dzięki staraniu rodziny wydostał się z niewoli  i wyjechał  do Paryża. Powrócił do Warszawy, gdzie rozpoczął studia malarskie. Naukę kontynuował m.in. w Gandawie, później w Monachium, gdzie zaprzyjaźnił się z wieloma artystami. Swoje obrazy wysyłał do Polski. Dorobek Adama Chmielowskiego to 61 obrazów olejnych, 22 akwarele i 15 rysunków. Do najbardziej znanych prac należą m.in. Po pojedynku, Dziewczynka z pieskiem, Cmentarz, Dama z listem, Powstaniec na koniu, Wizja św. Małgorzaty, Zachód słońca, Amazonka. W 1880 wstąpił do zakonu jezuitów. Po roku zrezygnował, jednak później wstąpił do Zakonu św. Franciszka z Asyżu. Założył zakon albertynów i albertynek. Zaangażował się w opiekę nad nędzarzami i bezdomnymi. Zmarł w 1916 roku. W 1983 roku Jan Paweł II ogłosił go błogosławionym, a w 1989 – świętym.

Decyzja o powstaniu Domu Pomocy św. Brata Alberta została podjęta już w 1919 roku.  Do budowy przystąpiono jednak dopiero w 1936 roku. Budynek w którym obecnie znajduje się muzeum świętego brata Alberta oddano do użytku w 1938 roku. Miało znaleźć się w nim schronienie dla 300 mężczyzn powyżej 16 roku życia. W budynku od samego początku mieścił się klasztor Braci Albertynów. Do dziś dnia ten budynek pozostaje własnością urzędu miasta Krakowa z pozwoleniem na użytkowanie przez Braci. Budynek miał pierwotnie składać się z  jednopiętrowego budynku z kaplicą na piętrze oraz z czterech bocznych pawilonów, z których zrealizowano tylko dwa. Główne wejście do schroniska zostało umieszczone od strony dzisiejszej ul. A. Nowaczyńskiego. Podkreślono je płaskorzeźbą wykonaną przez Ludwika Pugeta (znanego także jako Ludwik Puszet) – wybitnego rzeźbiarza portrecistę i animalistę. Przedstawia ona św. brata Alberta, ujętego w gwieździste, dekoracyjne obramienie.  W latach 1958-60 główny budynek schroniska przebudowano. Został on podwyższony o jedno piętro. Do dziś zachował jednak swoją pierwotną funkcję – mieści się tam Dom Pomocy Społecznej oraz muzeum poświęcone twórczości św. Brata Alberta Chmielowskiego. Do zbiorów muzealnych należy kilkanaście obrazów świętego Brata Alberta Adama Chmielowskiego oraz drobne pamiątki po świętym. Ponadto w muzeum wiszą obrazy przyjaciół Brata Alberta między innymi Leona Wyczółkowskiego. Muzeum można zwiedzać codziennie po wcześniejszym umówieniu się telefonicznie.