Nazwę teatru wymyślił Tadeusz Żeleński-Boy. Anegdota mówi, że Marian Dąbrowski, zorganizował spotkanie ludzi znanych w mieście z dowcipu. Boy wtedy zażartował:  „Znaleźć dobrą nazwę dla teatru? – Bagatela!”. Gmach nowego teatru porównywany był do paryskich budynków teatralnych: Casino de Paris i Folies-Bergère. Widownia z lekką i barwną formą secesyjną mogła pomieścić 700 widzów. Pod sceną umieszczono rekwizytornię i sznurownię. Pierwszą premierą była napisana w 1912 roku komedia Gabrieli Zapolskiej „Kobieta bez skazy”. Do niedawna zakazana przez cenzurę, wywołała skandal, co naturalnie przełożyło się na niebywałe powodzenie sztuki. W roku 1926 na skutek trudności finansowych przekwalifikowano teatr na kinoteatr.

Pożar, jaki wybuchł w roku 1928, całkowicie zniszczył wnętrze. Po odbudowie z fasad zniknęły ozdoby, jedynym dekoracyjnym elementem stała się maska zawieszona na frontowej ścianie, a wnętrze pomalowano na jednolity kolor. Pozostawiono scenę i fosę orkiestrową dla muzyków, przygrywających niemym filmom. Było to w owym czasie najelegantsze kino Krakowa.  W 1938 gmach zmodernizowano i nazwano "Scala". Z pierwotnego budynku pozostały tylko mury. W czasie wojny w budynku działało kino „Nur für Deutsche” („tylko dla Niemców”) i zakonspirowany lokal AK. Po wyzwoleniu Krakowa spod okupacji niemieckiej już w styczniu 1945 roku rozpoczęto wyświetlanie w Scali przedwojennych filmów polskich. Niebawem miał rozpocząć tu działalność pierwszy w wyzwolonej Polsce stały teatr dla dzieci. W latach 1946-1948 mieścił się tutaj Teatr Kameralny, a od 1949 roku Państwowy Teatr Młodego Widza. Dopiero w 1970 roku powrócono do nazwy teatru - Bagatela, a w 1972 nadano mu imię Tadeusza "Boya" Żeleńskiego.

Teatr Bagatela posiada trzy sceny, na których gra odmienny repertuar. Na scenie w głównym budynku grane są sztuki o charakterze rozrywkowym, często komedie, adresowane do szerokiej publiczności. Mniejsza scena przy ulicy Sarego na 100 miejsc jest oddawana reżyserom podejmującym tematy trudniejsze i eksperymentującym z formą. Trzecia, najmłodsza scena mieści się u stóp Kopca Kościuszki, przy alei Jerzego Waszyngtona. Na postindustrialnym terenie można nie tylko organizować spektakle, ale też magazynować dekoracje, kostiumy i rekwizyty. Przez cały rok działają tu pracownie budowy dekoracji (pracownia plastyczna, malarnia) oraz sala prób.