Dzisiejszy gmach murowanego kościoła parafialnego pochodzi z 1871 roku. Mieści się przy ulicy Rynek 34 i jest jednym z największych zabytków okolicy obok nieczynnego już cmentarza żydowskiego. Początkowo na miejscu dzisiejszego murowanego kościoła stała drewniana konstrukcja zbudowana w połowie XVI wieku.

Parafia Czarny Dunajec funkcjonuje od XVII wieku, gdy syn założyciela wsi – Jan Miętus wpisał do ksiąg miejskich Myślenic akt utworzenia czarnodunajeckiej parafii pod wezwaniem Trójcy Przenajświętszej. XVIII i XIX wiek to ciężkie czasy dla kościoła w Czarnym Dunajcu. W 1787 roku w pożarze spłonęła połowa budynków mieszkalnych we wsi wraz z drewnianym kościołem. Zaledwie kilkanaście lat po odbudowie nowej świątyni uszkodzone zostało sklepienie. Wybudowano wtedy murowany kościół, ale i ten strawił pożar w połowie wieku XVIII.

Kościół, który dziś możemy zobaczyć w Czarnym Dunajcu został odbudowany dzięki zaangażowaniu lokalnej społeczności. Prace ukończono w 1871 roku. Służy on lokalnej społeczności po dziś dzień. W ostatnich latach poczyniono wiele remontów, w tym odnowiono elewację, a we wnętrzu kościoła: posadzkę, oświetlenie i ogrzewanie. Zadbano także o otoczenie świątyni.

Kościół Przenajświętszej Trójcy jest dziś wizytówką Czarnego Dunajca i jednym z najczęściej odwiedzanych obiektów.