Trzon ekspozycji tworzą zbiory doktora Tytusa Chałubińskiego, zwanego „odkrywcą Zakopanego”. Muzeum gromadzi i wystawia liczne skały i minerały tatrzańskie. Można tu także zapoznać się z florą gór na ekspozycji poświęconej piętrowemu układowi roślinności Tatr. Zbiory dotyczące fauny obejmują około 230 gatunków wypchanych zwierząt, przede wszystkim ssaków i ptaków. Ciekawie prezentuje się ekspozycja etnograficzna, poświęcona kulturze górali podhalańskich i orawskich oraz Spiszaków. Wejście do tej części muzeum wiedzie przez oryginalne odrzwia góralskiej chaty z 1905 r. Odtworzono tu wnętrza tradycyjnych izb w góralskich chatach, tzw. izby czarnej i białej. Dalsza część wystawy poświęcona jest różnym formom gospodarki na Podhalu, jak łowiectwo, pasterstwo i rolnictwo. Na wystawie prezentowane są podhalańskie stroje ludowe, instrumenty muzyczne, rzeźba, ceramika, a także malarstwo na szkle.

Prace remontowo-konserwatorskie w muzeum objęły m.in. zaizolowanie fundamentów, odświeżenie elewacji, zaprojektowanie od nowa klatki schodowej wraz z windą, wykonanie nowych instalacji technicznych. Zadbano o odpowiadające charakterowi miejsca zagospodarowanie terenu oraz o iluminację elewacji, która podkreśla architektoniczne walory tego wyjątkowego obiektu – murowanicy w stylu zakopiańskim. W zabytkowych wnętrzach poddano renowacji oryginalne drewniane odrzwia do sal wystaw stałych, starą klatkę schodową z kutymi barierkami; odtworzono kamienne ławy przy wejściu. Ciekawostką jest zachowany w świetnym stanie strop odcinkowy w salach konferencyjnych w piwnicy oraz preparat konserwatorski na 3. piętrze, który prezentuje oryginalną konstrukcję zrębową ściany. Stylistycznie ujednolicono przestrzeń recepcyjną z pozostałymi filiami muzeum. W budynku pojawiły się pomieszczenia wystaw czasowych, przestrzeń na zaaranżowanie kawiarni, sale edukacyjno-konferencyjne. Zmodernizowano wystawy stałe: etnograficzną, geologiczną oraz przyrodniczą, m.in. renowacji poddano zabytkowe gabloty, przestawiono drewnianą chałupę, wykonano nowe dioramy. Wszystkie prace przeprowadzane były z uwzględnieniem potrzeb osób z niepełnosprawnościami oraz bezpieczeństwa przechowywania i prezentacji muzealiów. Projekt współfinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego 2014-2020 pt. „Rewaloryzacja i modernizacja zabytkowych budynków Muzeum Tatrzańskiego w Zakopanem dla zachowania i prezentacji unikatowego dziedzictwa kulturowego Podhala”.