Stację kolejową w Zakopanem otwarto w 1899 roku, a inicjatorem i fundatorem kolei był Władysław Zamoyski, co upamiętnia tablica pamiątkowa ufundowana w 1999 roku, w setną rocznice jej powstania. Wcześniej górale wozili turystów furmankami. Budowa trasy i pojawienie się kolei wywoływało wśród górali sporo zamieszania. Z jednej strony cieszyli się, bo przybywało więcej gości, ale skończył się zarobek na transporcie konnym. W Kronikach Zakopiańskich opisywany jest zabawny incydent, kiedy przy pierwszym wjeździe parowozu do Zakopanego kilku fiakrów zdjęło portki i gołymi zadkami wypięło się w stronę maszynisty Otto Wolfa, na co on zareagował polewając ich wodą.

W latach 30. XX wieku na torach pojawił się pociąg Luxtorpeda, który w 1936 roku trasę Kraków – Zakopane pokonał w rekordowym czasie 2 godzin 18 minut, którego nie pobito do dziś. W latach 1937–1939, z uwagi na odbywające się w mieście Mistrzostwa Świata w Narciarstwie Klasycznym, dworzec rozbudowano według projektu inżyniera Zenona Thienela. Szlak kolejowy zelektryfikowano w 1975 roku.

W 2021 roku przeprowadzono remont generalny i rewitalizację podupadającego kompleksu dworcowego. Trwała budowa nowego centrum komunikacyjnego dla ruchu dalekobieżnego i lokalnego, obejmująca stację kolejową i dworzec autobusowy. Inwestycja skróci czas podróży do nieco ponad 2 godzin i zwiększy dostępność kolei oraz komfort pasażerów i poziom bezpieczeństwa.

We wcześniej odnowionym budynku dworca, przebudowano wnętrza z nawiązaniem do czasów początku kurortu oraz lat 80. i 90. XX wieku. Utrzymano neoklasycystyczną architekturę oraz wnętrza w stylu art déco i góralskim, kojarzącym się z górami, przyrodą i tradycją podhalańską. Przywrócono butelkową zieleń stolarce okiennej, drewniane bale na suficie i innych elementach wykończenia, ciepłą biel okładzin ściennych, gresowe posadzki, reliefowe płytki i drewno lad, szklane balustrady z góralskim nadrukiem na schodach i koliste lampy z pionowymi oprawami oraz elementy z polerowanego mosiądzu i eleganckiego drewna. Ustawiono też nowoczesne meble rodzimych producentów i zamontowano ścieżki dotykowe. Przebudowywano też plac przed dworcem.

Nad bramą na perony kolejowe zamontowano historyczny neon z czasów PRL-u – PKP Zakopane. Powstał nowy układ torów i cztery perony, każdy o długości około 400 metrów, umożliwiające dojazd dłuższych pociągów. Torowisko obniżono o około metr, co ułatwi wsiadanie bez wchodzenia do pociągu po schodach. Postawiono nowe wiaty i ławki oraz tablice informacyjne.

Sąsiedni dworzec autobusowy zyskał nowe chodniki, jezdnie, zatoczki i wiaty przystankowe stylizowane na góralskie szałasy, ozdobione starymi zdjęciami rejonu dworca kolejowego w Zakopanem sprzed 100 lat. Obok powstaje pierwszy w mieście wielopoziomowy parking z miejscami postojowymi dla 150 samochodów oraz motocykli i rowerów, stacją ładowania samochodów elektrycznych i lokalami handlowymi.