W 1902 roku Stanisław Gabriel Żeleński, brat Tadeusza Boya-Żeleńskiego, postanowił otworzyć w Krakowskie Zakłady Witrażów. Założyciel zwiedził wiele pracowni witrażu w Europie, aby zdobyć inspirację do budowy kamienicy przeznaczonej do pracy z witrażami w Krakowie. Budynek powstał w 1908 roku i jest siedzibą pracowni do dziś. Po śmierci założyciela pracownię prowadziła jego żona - Izabela Żeleńska z Madejskich. Fakt założenia pierwszej na ziemiach polskich pracowni witraży stworzył modę na witraże, których powstało w tym okresie tysiące. Pracowali nad nimi ci, którzy nie zapisali się w podręcznikach historii, jak i najwięksi artyści Młodej Polski. W Muzeum Witrażu można obejrzeć dziś projekty największych twórców, jak Stanisława Wyspiańskiego, Józefa Mehoffera, Wojciecha Jastrzębowskiego i Stefana Matejki.

W 1952 roku pracownia została upaństwowiona, a po okresie transformacji wykupiona przez Piotra Ostrowskiego, który odrestaurował kamienicę i przywrócił dawny poziom artystyczny wykonywanych dzieł witrażowych. W 2004 roku otworzył przy pracowni Muzeum Witrażu.

W ciepłej atmosferze historycznej pracowni muWi, stojąc obok pracujących tu artystów i rzemieślników, można śledzić proces powstawania pięknych witraży i podziwiać tradycyjny kunszt krakowskiego zakładu. Muzeum prowadzi także szeroką działalność edukacyjną dla dzieci i młodzieży. Oprócz wystawy stałej "Galeria Młodopolskich Mistrzów Witrażu" muzeum tworzy wystawy czasowe.