Najstarsza wzmianka o wadowickiej świątyni pochodzi z 1325 roku. Pierwszy, mały, drewniany kościół Wszystkich Świętych spłonął w pożarze miasta w 1440 roku. Na jego miejscu w XV wieku wzniesiono murowaną, gotycką świątynię, z której zachowało się dwuprzęsłowe prezbiterium ze sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Kościół spłonął po raz kolejny w 1726 roku, a w latach 1792–1798 wybudowano nowy, późnobarokowy z fasadą zwieńczoną wieżą z baniastym hełmem. W 1836 roku zmieniono wezwanie kościoła na Ofiarowania Najświętszej Marii Panny. W XIX wieku dobudowano zakrystię ze skarbcem, fasadzie nadano styl neobarokowy z reprezentacyjnym balkonem, według projektu krakowskiego architekta Tomasza Prylińskiego. Dekorację rzeźbiarską fasady wykonał krakowski artysta Zygmunt Langman. Na wieżę założono nowy hełm. W 1945 roku kościół został uszkodzony w czasie bombardowania. W latach 1945–1947 odbudowano go, dodano boczne wejścia i przedsionki, rozbudowano zakrystię. W 1986 roku w prezbiterium wykonano arkadowe przejścia do kaplic bocznych. Tu w polichromowanym ołtarzu głównym znajduje się wizerunek Madonny. Na początku XXI wieku bazylika przeszła remont, ułożono marmurową posadzkę, sklepienia pokryto polichromią o tematyce związanej z Janem Pawłem II. Na chórze w 2010 roku stanęła nowa pięciokolumnowa szafa organowa zwieńczona herbem papieskim, dzięki której w bazylice odbywają się koncerty organowe.

Papież odwiedzał kościół podczas wszystkich trzech wizyt w Wadowicach – w latach 1979, 1991 i 1999, a w 1992 roku podniósł kościół do godności Bazyliki Mniejszej.

W bazylice są cztery kaplice. W kaplicy Świętokrzyskiej znajduje się obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy, ukoronowany przez Papieża podczas ostatniej wizyty w Wadowicach. W centralnym punkcie kaplicy świętej Rodziny, z figurami świętej Rodziny, stoi kamienna, barokowa chrzcielnica, przy której w 1920 roku ochrzczono Karola Wojtyłę. W kaplicy Ukrzyżowania, w tabernakulum umieszczono relikwie świętych: Ojca Pio, Szymona z Lipnicy i Ojca Maksymiliana Marii Kolbego. W kaplicy Ojca Świętego Jana Pawła II na ołtarzu spoczywa relikwiarz z krwią Papieża, a nad nim obraz z patronem kaplicy. W kaplicy Matki Bożej Nieustającej Pomocy widać cudowny obraz Matki Bożej, przed którym Karol Wojtyła codziennie modlił się przed pójściem do szkoły, a w 1999 roku ukoronował go już jako Papież. Obraz znajduje się w neogotyckim ołtarzu z 1903 roku, obok na czerwonej poduszce umieszczono papieski różaniec.