Niegowicka parafia powstała w XIII wieku, w 1325 roku była siedzibą dekanatu. Pierwszy drewniany kościół, z gontowym dachem zwieńczonym wieżyczką z sygnaturką oraz sufitem i podłogą z desek, w 1748 roku groził zawaleniem. W 1761 roku częściowo spłonął od wystrzałów na wiwat z broni palnej podczas procesji Bożego Ciała. W 1788 roku Teresa Grzębska, właścicielka okolicznych dóbr, ufundowała nową świątynię, remontowaną w 1893 roku. W 1930 roku powstały plany budowy murowanego kościoła projektu Bogdan Tretera. Budowę prowadzono w latach 1949–1959. Jednym z jej inicjatorów był młody ksiądz Karol Wojtyła, w latach 1948–1949 wikariusz miejscowej parafii. Do podkrakowskiej wsi przyszłego papieża skierowano po ukończeniu studiów teologicznych w Rzymie. Wkrótce okazało się, że jest zarówno naukowcem teologiem, jak i doskonałym duszpasterzem. Wtedy też stary drewniany kościół rozebrano i przewieziono do wsi Mętków koło Chrzanowa. Nowy kościół w 1966 roku konsekrował arcybiskup Karol Wojtyła, a w 1968 roku odwiedził wieś po nominacji kardynalskiej.

Przy kościele stoi pomnik skromnego, młodego wikarego Karola Wojtyły, wysokości prawie czterech metrów. Wykonał go z granitu i brązu włoski rzeźbiarz, profesor Romano Pelloni. W 1999 roku Jan Paweł II poświęcił pomnik w Rzymie, następnie przewieziono go do wsi. W kaplicy znajduje się symboliczny grób Jana Pawła II, naturalnej wielkości replika grobu watykańskiego. Papieża upamiętniają też dwie tablice, na murze kościoła i wikarówki.

W ołtarzu głównym znajduje się obraz Matki Bożej Wniebowziętej, zwanej Matką Bożą Niegowicką z 1610 roku, fundacji Niewiarowskich. W 1860 roku na wizerunek nałożono drewnianą, posrebrzaną sukienkę, a w 1918 roku srebrną, jako wotum wdzięczności za odzyskanie niepodległości.