Muzeum wywodzi się z Komisji Fizjograficznej Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, która powstała w 1865 roku. To niebywałe miejsce, w którym można zobaczyć to, co dziś już nie istnieje - wymarłe gatunki zwierząt, a także dowiedzieć się o ewolucyjnych procesach i mutacjach.

Na wystawie stałej „Mięczaki świata” można zobaczyć wymarłe już amonity oraz współcześnie żyjące głowonogi, małże i ślimaki z całego świata. „Rozmowa z kamieniem” to z wystawa minerałów i skamieniałości ofiarowanych muzeum przez Zbyluta Grzywacza, malarza, grafika i kolekcjonera, a zadedykowanej poezji Wisławy Szymborskiej. „Megafauna plejstoceńska" to ekspozycja stała przedstawiająca kopalne szczątki wymarłych, dużych zwierząt należących megafauny plejstoceńskiej, wśród nich mamuty, niedźwiedzie jaskiniowe i jelenia olbrzymiego. Najcenniejszym okazem jest nosorożec włochaty, obok mamuta największy roślinożerca epoki lodowcowej. Jest to jedyny okaz nosorożca zachowanego w całości wraz ze skórą. Ma on około 30 tysięcy lat. Ciekawą wstawą stałą jest też "Spadzista - krakowskie cmentarzysko mamutów". Opowiada ona o znalezionym przez przypadek stanowisku archeologicznym z mnóstwem kości mamutów oraz szczątkami wilka, lisa polarnego, konia,  niedźwiedzia brunatnego, nosorożca włochatego i renifera. W miejscu tym odkryto również kilkadziesiąt tysięcy krzemiennych wyrobów człowieka służących do obrony i codziennych czynności. Badania na tym stanowisku prowadzono do 2023 roku.

Muzeum działa prężnie w organizacji wystaw czasowych, które dotyczą flory, fauny oraz przyrody nieożywionej.