Parafia w Lipnicy Murowanej powstała w 1144 roku. W 1363 roku król Kazimierz Wielki w miejscu świątyni drewnianej ufundował murowany kościół. W 1483 roku wójt Łukasz Waldorf ufundował ołtarz Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Kościół spłonął w latach 1500 i 1740 oraz kilkakrotnie w XIX wieku. Po zniszczeniu w czasie najazdu szwedzkiego w 1655 roku został odremontowany, przebudowano go w latach 1720 i 1754, a odbudowano po pożarze w 1820 roku. W 1973 roku częściowo odsłonięto gotyckie portale, w 1976 roku otynkowano. Ostatnia rewitalizacja polichromii i wyposażenia miała miejsce w latach 2009–2011.

Kościół zbudowano na planie krzyża. To świątynia murowana z piaskowca, otynkowana, jednonawowa z węższym prezbiterium zamkniętym dwubocznie, kaplicami w bocznych ramionach i masywną wieżą zegarową na planie kwadratu, wysokości ponad 30 metrów, wspartą narożnymi przyporami. Wieńczy ją wysoki, dwuspadowy dach z czworoboczną wieżyczką-sygnaturką, kryty dachówką. Fasadę z czarną bramą z kutego żelaza, zbudowano z nieregularnych brył piaskowca.

Ściany i strop zdobią polichromie figuralno-ornamentalne z 1863 roku, dzieło Aleksandra Miklasińskiego. Neobarokowy ołtarz główny w 1887 roku wykonał Ludwik Sikorski. Rokokowy ołtarz w kaplicy pochodzi z 1773 roku. Ołtarze boczne i w kaplicach z końca XIX wieku są dziełem Władysława Łuczkiewicza i Ludwika Sikorskiego. Najstarszym i najcenniejszym elementem wyposażenia jest gotycka, drewniana figura Matki Bożej z Dzieciątkiem z 1370 roku, zwana Piękną Madonną Lipnicką, dar króla Kazimierza Wielkiego. Ciekawe są rzeźby Chrystusa na tęczy z XVII wieku i w zakrystii z XVIII wieku. Ambona pochodzi z 1889 roku, kamienne chrzcielnice z XIV i XV wieku, w starszej w 1435 roku ochrzczono świętego Szymona. W świątyni znajdują się relikwie świętego Jana Pawła II.

Na wieży wisi dzwon Maryja, na pamiątkę fundatora, prezydenta Lecha Kaczyńskiego nazywany Prezydenckim, odlany w 2009 roku. Przed kościołem stoją ceramiczne figury lipnickich świętych Szymona i Urszuli Ledóchowskiej oraz błogosławionej Teresy Ledóchowskiej, dzieła uczniów liceum plastycznego w Wiśniczu z początku XXI wieku.

Parafia św. Andrzeja Apostoła w Lipnicy Murowanej jest również Sanktuarium św. Szymona.