Parafia w Szaflarach liczy ponad 660 lat, a z jej historią związana jest ściśle figura Madonny z Szaflar - gotycka rzeźba z drewna lipowego, polichromowana i miejscami złocona, która przedstawia Madonnę z Dzieciątkiem w charakterystycznym dla szkoły spisko-sądeckiej typie Pięknej Madonny. Rzeźba, której wiek określa się na druga połowę XIV wieku, wykazuje wiele podobieństw stylu i warsztatu wykonania do Madonny Sądeckiej, znajdującej się w kościele świętej Małgorzaty w Nowym Sączu.

Pierwotny kościół zbudowany został z drzewa około 1340 roku. Do roku 1519 był samoistnym kościołem parafialnym, a następnie przyłączono go do kościoła parafialnego w Nowym Targu. Obecną świątynię zbudowano między rokiem 1799 a 1810, staraniem proboszcza księdza Szymona Zamojskiego i pracą parafian. W 1810 roku ustanowiony go ponownie kościołem parafialnym. Konsekracja miała miejsce 3 sierpnia 1823 roku, a dokonał jej biskup limanowski Grzegorz Tomasz Ziegler. Na początku XXI wieku świątynię odnowiono, a jej stropy pokryły polichromie ze scenami biblijnymi i przedstawiającymi religijność górali.

Kościół zorientowany jest na wschód, jednonawowy. Do nawy głównej zostały dobudowane dwie kaplice: od strony północnej kaplica Najświętszej Maryi Panny, zbudowana w 1909 roku i od strony południowej kaplica Najświętszego Serca Pana Jezusa.