W 1939 roku zbiory zostały ograbione i zdewastowane przez okupanta. Na szczęście część z nich udało się uratować, aby po wojnie mogły stanowić zalążek muzeum. W dniu jubileuszu 50-lecia Akademii Górniczo-Hutniczej, 20 maja 1969 roku, można było po raz pierwszy obejrzeć przygotowaną wystawę. Zmieniła ona charakter gmachu głównego. W holu na parterze ustawiono bryły węgla i soli, na krużgankach holu pierwszego piętra ekspozycję "Surowce mineralne Polski", a na krużgankach piętro wyżej "Paleontologię" wraz z rekonstrukcjami dinozaurów.

Dziś na trzech kondygnacjach głównego gmachu Akademii Górniczo-Hutniczej znajduje się osiem stałych tematycznych ekspozycji. Umożliwiają między innymi bliższe poznanie i zrozumienie, jak geologicznie zbudowane jest podłoże Krakowa. Wśród wystaw można znaleźć także tę, poświęconą zjawiskom krasowym czy złożom rud, ropy, gazu i węgla.