Swój pokaźny majątek przekazał na cele dobroczynne. Wspierał szpitale, kościoły i klasztory m.in. Bożogrobców w Miechowie i Paulinów na Skałce. W pamięci współczesnych zapisał się jako dobroczyńca, opiekun młodzieży, nazywany był drugim Hipokratesem, kolumną Uniwersytetu. Cieszył się powszechnym szacunkiem, został pochowany w Katedrze Wawelskiej.

W 490. rocznicą śmierci Miechowity, najsłynniejszego miechowianina, miechowskie społeczeństwo podjęło działania zmierzające do budowy pomnika Macieja Miechowity. Wybitny artysta rzeźbiarz Wincenty Kućma, profesor Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie, zdobywca wielu prestiżowych nagród, zaprojektował i wykonał model oraz jego gipsowe formy do odlewu w brązie.