W skarbcach Collegium Maius prezentowane są najcenniejsze pamiątki uniwersyteckie. Tradycja gromadzenia zbiorów uniwersyteckich liczy sobie ponad sześć wieków i trwa do dziś. Dzięki hojnym darczyńcom, profesorom i wychowankom Uniwersytetu podziwiać możemy wybitne dzieła sztuki, wytwory rzemiosła artystycznego, instrumenty naukowe oraz pamiątki po znanych i cenionych osobistościach.

W sejfie Pierwszego Skarbca, pośród cennych przedmiotów, znajdują się m.in. insygnia władzy rektorskiej, a także rekonstrukcje aktów fundacyjnych Uniwersytetu, nawiązujące do fundacji i restauracji uczelni. Zostały one wykonane przez Tadeusza Przypkowskiego, na podstawie fotografii oryginalnych dokumentów.

Po drugiej stronie skarbiec zdobi stół augsburski z czasów króla Jana III Sobieskiego. Inkrustacje są wykonane ze srebra i przedstawiają na plakiecie Marsa i Wenus na wozie triumfalnym ciągniętym za sznury przez dwa amorki, trzeci amorek dźwiga owalną tarczę Marsa, a Kupidyn celuje z łuku w tę parę na wozie.