Zadaniem Fortu Tonie była ochrona północno-zachodnich umocnień Twierdzy Kraków oraz tak zwanego Traktu Olkuskiego. W latach 1902–1908 fort gruntownie zmodernizowano i wyposażono między innymi w wieże wysuwalno-obrotowe typu Senkpanzer M.2 z armatami szybkostrzelnymi kalibru 8 centymetrów. Był to jedyny obiekt Twierdzy Kraków, w którym zastosowano ten najnowocześniejszy wówczas typ wież artyleryjskich. Są one bezcennymi unikatami w skali Europy – podobne wieże zachowały się w Twierdzy Verdun we Francji i Kopenhadze.

W przededniu I wojny światowej fort należał do najnowocześniejszych i najsilniejszych z twierdzy. Bezsprzecznie miał największą odporność na ostrzał. Stała załoga Fortu Tonie po modernizacji liczyła 428 żołnierzy. Mimo doskonałego wyposażenia fort nie uczestniczył w walkach podczas I wojny światowej. Jako jeden z nielicznych krakowskich fortów zachował większość wyposażenia pancernego.

We wrześniu 1939 r. osłaniał ogniem wycofywanie się Armii „Kraków” na wschód przed poddaniem miasta Niemcom. W czasie okupacji hitlerowcy urządzili w nim swoje magazyny i warsztaty, a wycofując się, wysadzili w powietrze jedną z kopuł oraz część pancerzy.

Po wojnie korzystało z niego Ludowe Wojsko Polskie, w 1966 r. przeszedł w ręce cywilne, obecnie jest w posiadaniu Gminy Miejskiej Kraków.

Obecnie w Forcie Tonie funkcjonuje Muzeum „Otwarta Twierdza”, które oferuje zwiedzanie grupom zorganizowanym.