Auf Beschluss des Kaisers Joseph II. von Habsburg erhielt Podgórze die Stadtrechte und wurde 1784 zur königlichen Freistadt erhoben. 1838 wurde der erste Katasterplan für Podgórze erstellt, in dem die Bebauung auf dem Grundstück eingezeichnet wurde, auf dem sich heute das Podgórze-Museum befindet. Der Plan zeigt, dass die Nebengebäude zu diesem Zeitpunkt ausgebaut wurden und auf einem Teil des Grundstücks es einen Obst- mit Gemüsegarten gab. Mitte des 19. Jahrhunderts beherbergte das Museumsgebäude ein Militärkrankenhaus. In der zweiten Hälfte des 19. und zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde das Gebäude für militärische Zwecke genutzt. Auf dem Plan von 1870 sind hier Artillerielager und 1916 Artilleriewerkstätten eingezeichnet.

1915 wurde Podgórze in die Stadt Kraków eingemeindet. Die Geschichte dieses spannenden Stadtteils wird im Podgórze-Museum präsentiert. Bei dem Besuch des Museums lernen die Besucher/-innen die Geschichte und die für diesen Stadtteil wichtigen Personen kennen, die seine Identität geprägt haben. Wir können in die frühesten von Legenden umrankten Zeiten zurückreisen, die königliche Freistadt Podgórze „besuchen“, aber auch etwas über die gegenwärtigen Entwicklungen erfahren. Neben den Exponaten und Beschreibungen bietet das Museum Aufzeichnungen von Zeitzeugen, deren Video-Versionen hier ebenfalls zugänglich sind. Die Audioguides sind vor Ort erhältlich. Auf die Kinder warten hier interaktive Spiele, Rätsel und interessante Fakten über die Geschichte und die Traditionen des Ortes. Die Besucher/-innen dieses Museums können die Dauerausstellung „Die Stadt unter dem Krak-Erdhügel“ sehen, die in vier Sälen: „Zwischen Weichsel und dem St. Benedikt-Berg“, „Die königliche Freistadt Podgórze“, „Auf dem Weg zur Freiheit“ und „Die Zeit von Podgórze“ untergebracht ist. Außerdem veranstaltet das Museum temporäre Ausstellungen.

Das Podgórze-Museum ist eine Zweigstelle des Historischen Museum Kraków und wurde unter aktiver Beteiligung der Bewohner dieses Stadtteils aufgebaut.