Pierwsze wzmianki o bobowskich Żydach pochodzą z XVI wieku. Na stałe osiedlili się w Bobowej w 1732 roku, do której sprowadził ich dziedzic Michał Jaworski, by zajęli się upadającym w okolicy handlem. Czterdzieści lat później społeczność to tworzyła już prężną gminę żydowską, która przed 1778 rokiem wzniosła swoją synagogę.

Synagogę w Bobowej zbudowano prawdopodobnie w 1756 roku. W 1889 roku potężny pożar zniszczył większość budynków w miasteczku. Spłonął też dach synagogi i drewniana przybudówka, wnętrze ocalało. Po szybkiej od odbudowie synagoga uzyskała dzisiejszy kształt. Pod koniec XIX wieku Bobowa była prężnym ośrodkiem chasydzkich w Polsce. W czasie drugiej wojny światowej hitlerowcy zdewastowali wnętrze synagogi i urządzili w niej stajnie dla koni. Po wojnie opuszczona przez kilka lat niszczała. W 1955 roku wyremontowano ją i zaadaptowano na szkolne warsztaty tkackie. Usunięto bimę i schodki do aron ha-kodesz, podwyższono poziom podłogi i pobielono część ścian. Zachowano cenne detale architektoniczne, a polichromie i portal wokół aron ha-kodesz zabezpieczono szybą. W 1993 roku synagogę przejęła Gmina Wyznaniowa Żydowska w Krakowie, niestety nie ukończono remontu rozpoczętego pod kierunkiem Fundacja Rodziny Nissenbaumów. Synagogę wyremontowano dopiero z funduszy rabina Aschego Scharfa z Nowego Jorku i uroczyście otwarto w 2003 roku, w rocznicę śmierci bobowskiego cadyka Halberstama.

Synagogę na planie prostokąta kryje wspólny, jednokondygnacyjny dach czterospadowy. Jej główną częścią jest kwadratowa, wysoka sala modlitw zbudowana z kamienia w stylu barokowym. Jej dziesięciopolowe sklepienie wsparte jest na czterech słupach, pomiędzy którymi stoi drewniana, dwuwejściowa bima. Prostokątną przybudówkę zbudowano z drewniana, z trójprzęsłową, otwartą galeryjką wspartą na czterech słupach, w której mieści się przedsionek, a nad nim babiniec otwarty na salę główną kilkoma okienkami. W sali na wschodniej ścianie zachowała się stiukowa, polichromowana dekoracja z lat 1777–1778, o motywach roślinnych i zwierzęcych, tworząca bogatą oprawę aron ha-kodesz czyli szafy ołtarzowej. W centralnej części między dwiema kolumnami oplecionymi winoroślą, znajduje się wnęka na zwoje Tory. Na szczycie widać dwa gryfy i tablice Dekalogu zwieńczone koroną z napisem. Dekoracja ta to jeden z cenniejszych zabytków żydowskiej sztuki sakralnej w Polsce. Niedawno na pozostałych ścianach odkryto malowidła przedstawiające Jerozolimę i instrumenty muzyczne.

Dziś do Bobowej pielgrzymują Chasydzi z całego świata, a synagoga służy za miejsce kultu, w którym nabożeństwa odbywają się w czasie pielgrzymek Chasydów do grobów bobowskich cadyków. Działa w niej warsztat koronkarski i muzeum z wystawą judaiców. Jest też udostępniana do zwiedzania.