Muzeum powstało 18 lutego 1850 roku jako Muzeum Starożytności w Krakowie. W ciągu ponad 170 lat istnienia, w muzeum zgromadzono ponad 770 tysięcy eksponatów. Unikatowe przedmioty z obszaru środkowej Europy – od słynnego, złotego wyposażenie grobów z Ryżanówki i Jakuszowic, przez liczne skarby srebrne i brązowe, po wiele innych kruszcowych przedmiotów. Jest wśród nich również najliczniejszy w Europie zbiór malowanych naczyń sprzed 6000 lat z Bilcza Złotego (Ukraina), czy jedne z najstarszych narzędzi wykonywanych przez człowieka – liczące 500 tysięcy lat kamienne pięściaki z RPA. A także monumentalny posąg tak zwany Światowid ze Zbrucza. Bardzo cenne są również zbiory egipskie, wśród których wyróżniają się oryginalne mumie ludzkie i zwierzęce. Unikatowy charakter ma też kolekcja zabytków peruwiańskich.

Muzeum Archeologiczne to Gmach Główny oraz dwa oddziały. Gmach Główny nie jest pierwszą siedzibą muzeum. Wcześniej główna wystawa mieściła się przy Bibliotece Jagiellońskiej, potem przy ulicy Sławkowskiej. W 1954 roku miasto przekazało na potrzeby muzealne po więzienne budynki przy ulicy Senackiej i Poselskiej. W Gmachu Głównym można oglądać dwie wystawy stałe: "Pradzieje i średniowiecze Małopolski" (wystawa odnowiona w 2024 roku) oraz "Podziemia Muzeum". Gmach Główny otoczony jest pięknym ogrodem (ogród zamknięty do odwołania!). 

Odział Muzeum Archeologicznego w Nowej Hucie powstał w 1949 roku, kiedy na placu budowy nowego miasta odkrywano ciekawe znaleziska. Wystawa znajduje się w zespole parkowo-dworskim w Branicach. Dworek pochodzi z przełomu XVIII i XIX wieku, lamus z początku XVII wieku, natomiast neolityczne relikty osadnicze datuje się na VI tysiąclecie p.n.e. W lamusie prezentowana jest wystawa stała "Archeolodzy dla Nowej Huty" oraz wystawy czasowe.

Drugim oddziałem Muzeum Archeologicznego jest Kościół świętego Wojciecha znajdujący się na Rynku Głównym w Krakowie. Jest on jedną z najstarszych budowli sakralnych miasta, a jego powstanie datuje się na rok 1000, czyli niedługo po śmierci świętego Wojciecha. Na przestrzeni lat kościół przekształcono z drewnianej konstrukcji na murowaną, jednak później nie ulegał on znaczniejszym przebudowom. Można oglądać tu, odnowioną w 2024 roku, wystawę stałą "Tuż obok biło serce miasta. Historia kościoła św. Wojciecha".