Trzon ekspozycji tworzą zbiory doktora Tytusa Chałubińskiego, zwanego „odkrywcą Zakopanego”. Muzeum gromadzi i wystawia liczne skały i minerały tatrzańskie. Można tu także zapoznać się z florą gór na ekspozycji poświęconej piętrowemu układowi roślinności Tatr. Zbiory dotyczące fauny obejmują około 230 gatunków wypchanych zwierząt, przede wszystkim ssaków i ptaków. Ciekawie prezentuje się ekspozycja etnograficzna, poświęcona kulturze górali podhalańskich i orawskich oraz Spiszaków. Wejście do tej części muzeum wiedzie przez oryginalne odrzwia góralskiej chaty z 1905 r. Odtworzono tu wnętrza tradycyjnych izb w góralskich chatach, tzw. izby czarnej i białej. Dalsza część wystawy poświęcona jest różnym formom gospodarki na Podhalu, jak łowiectwo, pasterstwo i rolnictwo. Na wystawie prezentowane są podhalańskie stroje ludowe, instrumenty muzyczne, rzeźba, ceramika, a także malarstwo na szkle.