Oryginalna, nowoczesna forma budynku mieszczącego muzeum to dzieło sławnego japońskiego architekta współczesnego Arata Isozaki, zaś inicjatorem powstania muzeum był znany polski reżyser filmowy Andrzej Wajda. Mimo nowoczesnych rozwiązań konstrukcyjnych, gmach charakterem nawiązuje do tradycyjnej architektury japońskiej. Podstawą zbiorów muzeum jest kolekcja pisarza i kolekcjonera Feliksa Jasieńskiego (1861–1929), podarowana przez niego krakowskiemu Muzeum Narodowemu w 1920 roku. Jasiński, zafascynowany kulturą Japonii, nosił przydomek Manggha. Ogromna kolekcja sztuki japońskiej liczy 6,5 tys. eksponatów. Wśród nich znaczną część stanowią grafiki drzeworytnicze z okresu XVII–XIX wieku największych japońskich mistrzów, m.in. Suzuki Harunobu, zwanego „ojcem japońskiego barwnego drzeworytu” oraz sławnych Kitagawy Utamaro i Ichiryūsai Hiroshige. Ciekawe są również japońskie militaria: ozdobne miecze i tarcze oraz samurajskie zbroje wraz z hełmami i maskami. Niezwykłą misternością zachwycają przedmioty wykonane z laki, jak puzderka, szkatułki, czarki, a nawet miniaturowe meble. W Muzeum odbywają się liczne warsztaty, pokazy, występy przeznaczone dla widzów w różnym wieku - na przykład origami czy kaligrafii. Do najmłodszych skierowane są wystawy edukacyjne. Ponadto w muzeum działa Szkoła Języka Japońskiego pod patronatem Fundacji Japońskiej.